Kondenzace DNA in vitro slouží jako modelový systém pro řadu fyzikálních, biochemických a biologických procesů. Struktury některých sloučenin těžkých kovů, které mají biologický význam, umožnují předpovědět, že tyto látky mohou také vyvolat kondenzaci DNA. Mezi takové sloučeniny patří I dinukleární rutheniové komplexy s uhlíkatým spojovacím řetězcem. S rostoucí délkou uhlíkatého alifatického linkeru se zvyšuje cytotoxicita dinukleárních komplexů na nádorových liniích a také schopnost komplexů vytvářet meziřetězcové můstky mezi molekulami DNA in vitro za zvýšené iontové síly. Tyto komplexy také kondenzují DNA in vitro. To by mohl být dobrý předpoklad pro schopnost těchto komplexů ovlivňovat kompaktizaci chromatinu, vznik a stabilitu nukleosomů in vitro a in vivo, a tím přispívat k jejich protinádorové aktivitě. Zadání práce: 1. Literární rešerše DNA a její vlastnosti (včetně organizace chromatinu), koordinační komplexy těžkých kovů v protinádorové terapii, rutheniové komplexy, interakce DNA s komplexy Pt a Ru, typy aduktů 2. Rekonstituce nukleosomu příprava nukleosomu podle NEB kitu dvěma postupy: a) ředícím, b) dialyzačním Příprava substrátů-DNA z NEB kitu a DNA vlastní (vyštěpení fragmentů plasmidové DNA a jejich izolace, PCR příprava specifických sekvencí, modifikace komplexy ruthenia a platiny 3. Modifikace DNA a nukleosomů dinukleárními Ru komplexy a cisplatinou stabilita nukleosomu vs. tvorba nukleosomu po modifikaci DNA Jazyk práce: čeština, slovenština, angličtina Literatura: 1. Novakova, O., Nazarov, A.A., Hartinger, C.G., Keppler, B.K. and Brabec, V. (2009) DNA interactions of dinuclear RuII arene antitumor complexes in cell-free media. Biochem Pharmacol, 77, 364-374 2. Lusser, A. and Kadonaga, J.T. (2004) Strategies for the reconstitution of chromatin. Nature Methods, 1, 19-26. 3. Brabec, V., Novakova, O. (2006) DNA binding mode of ruthenium complexes and relationship to tumor cell toxicity. Drug resistance updates, 9, 111-22 4. Keppler, B. K. (ed.), Metal Complexes in Cancer Chemotherapy, VCH, Weinheim 1993. 5. Mendoza-Ferri, M.G., Hartinger, Ch.G., Mendoza, M.A., Groessl, M., Egger, A.E., Eichinger, R.E., Mangrum, J.B., Farrell, N.P., Maruszak, M., Bednarski, P.J., Klein, F., Jakupec, M.A., Nazarov, A.A., Severin, K. and Keppler, B.K. (2009) J Med Chem, 52, 916-925 6. Todd, R.C. and Lippard, S.J. (2009) Metallomics, 1, 280.