Závěrečná práce: Bc. Štěpán Šrubař: Analýza spektrálních obrazových dat
Diplomová práce
Analýza spektrálních obrazových dat
Analysis of spectral image data
Anotace
Práce se zabývá zpracováním nasnímaných obrazových dat z mikroskopu. Každému nasnímanému místu preparátu odpovídá několik šedotónních obrazů, které byly nasnímány přes různé barevné filtry, přes rozkladný hranol nebo přes mřížku. Sledovaný preparát je obarven speciálními barvivy. Tato barviva po nasvícení září nerovnoměrně ve všech vlnových délkách. Proto se dané barvivo projevuje ve všech nasnímaných …více
Abstract
Thesis occupies with processing of scaned image data from microscope. Grayscale images corresponds to each scaned place of preparation. These images were scanned through different color filters, prism or grating. Studied preparation is coloured with dyes. These dyes shine after excitacion nonequally in all wavelengths. Therefore each dye exhibits in all scanned grayscale images but not with the same …více
Zadání práce
Student bude analyzovat spektrální obrazová data, tedy data s podrobně nasnímanou spektrální dimenzí (závislost intenzity pixelu/voxelu na vlnové délce světla). Z takto naměřených spektrálních dat a znalosti referenčních spekter jednotlivých barviček lze určit koncentrace jendotlivých barviček v daném místě obrazu (např. pomocí pseudo-inverze matice). Úkolem bude nastudovat následující 3 postupy:
- přes pseudo-inverzi matice na základě znalosti referenčních křivek jednotlivých barviček
- přes řešení systému rovnic na základě znalosti referenčních křivek směsí barviček
- pomocí metody MCR (event. s PCA), viz. níže uvedené 2 patenty
Postupy je nutné implementovat, začlenit do knihovny i3dlib a vyzkoušet chování na reálných datech.
Student rovněž prostuduje možnosti paralelizace výše uvedených metod.
Literatura:- US Patent 6675106
- US Patent 6584413
- Tsurui et al., Seven-color Fluorescence Imaging of Tissue Samples Based on Fourier Spectroscopy and Singular Value Decomposition, The Journal of Histochemistry and Cytochemistry, Volume 48(5): 653–662, 2000
- Hyohoon et al., Color compensation of multi-color FISH images, IEEE Trans. Medical Imaging, in press
- Keenan and Kotula, Accounting for Poisson noise in the multivariate analysis of ToF-SIMS spectrum images, Surf. Interface Anal. 2004; 36: 203–212
11. 10. 2008 12:54, (IS automaticky)
- Zadáno/změněno 26. 6. 2007 15:47, Mgr. Bc. Tomáš Navrátil, DiS., učo 70642
- Záznam založen 26. 3. 2007 09:57, Eva Drštková
- Zveřejnit od 16. 5. 2007 11:25, Eva Drštková
- Práce převzata 16. 5. 2007 11:25, Eva Drštková
- Pořadí pokusu: 2
čeština
Vedoucí
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Zobecněná inverze a její aplikace
Ing. Mgr. Karolína Maňáková -
Analýza pseudoinverzních matic
Mgr. Martin Heger -
Algorithms and Methods for Haptic Interaction with Deformable Objects
doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898 -
Singulární rozklad matice a jeho použití
Mgr. Eva Janoušková, Ph.D., učo 211561 -
Použití numerických metod ve statistice
Mgr. Anna Šišková -
Rozklady matic a jejich aplikace
Mgr. Dávid Igaz -
Moore-Penroseova inverze matice
Ing. Michal Fojt -
Elementární matematické metody ve financích
Mgr. Klára Kučerová
Složky
Soubory
-
Přidání souboru
Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat. -
Další operace se soubory
Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku. -
Pohled pro experty
Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností. -
Vyhledávání souborů
Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku. -
Rychlý přístup k souborům
Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.