Závěrečná práce: Filip Múdry: User Interface for Molecular Dynamics Data Repository
Bakalářská práce
User Interface for Molecular Dynamics Data Repository
Anotace
Simulácie molekulovej dynamiky (MD) sú pre moderné vedy o živej prírode (life sciences) kľúčové, najmä v oblasti návrhu liečiv a modelovania vírusov, čo sa potvrdilo aj počas pandémie COVID-19. Táto oblasť však čelí výzve týkajúcej sa správy dát. Cenné súbory dát trajektórií často nie sú systematicky uchovávané, čo bráni reprodukovateľnosti a budúcim metaanalýzam. V dôsledku toho vyvstáva potreba repozitárov …více
Abstract
Molecular dynamics (MD) simulations are essential for modern life sciences, particularly in drug design and viral modelling, as demon- strated during the COVID-19 pandemic. However, the field faces a challenge regarding data management. Valuable trajectory datasets are often not systematically preserved, which hinders reproducibility and future meta-analyses. Consequently, there is a need for repositories …více
Zadání práce
The aim of the thesis is to design and develop a proof-of-concept interface for a data repository of molecular dynamics (MD) datasets. As part of the work, a user interface design will be created in Figma and subsequently implemented as a web application built with React and TypeScript.
The development will focus on:
-
designing and implementing the repository homepage,
-
displaying and enabling search and filtering of the list of data records,
-
providing an interface for interactive data deposition using forms,
-
components for filtering search results and repository records based on a defined metadata schema,
-
containerization of the user interface,
-
preparing the solution for easy deployment to the e-INFRA CZ cloud infrastructure.
The solution will be based on the API, and model architecture of the open-source system InvenioRDM, which is also used by the general-purpose data repository Zenodo operated by CERN. The thesis will focus on adapting the general repository to the needs of the molecular dynamics domain and creating a modern, visually attractive design that subtly reflects the life-science orientation of the project.
19. 12. 2025 13:36, Mgr. Adrián Rošinec, učo 469240
Konzultant
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Drugs for Everyone: Designing and implementing intuitive user interface for 3D printing of drugs
RNDr. Magdaléna Kejstová -
Visualization and Analytics Components for Molecular Dynamics Data Repository
Bc. Oliver Blščák -
Návrh uživatelského rozhraní aplikace mobilního bankovnictví
Mgr. Petr Beran -
Analýza designových prvků uživatelského rozhraní a zkušenosti v mobilních silničních navigacích
Bc. František Havelka -
Přístupnost hry World of Warcraft pro nové hráče
Bc. Jakub Staněk -
Front-end webové aplikace pro výuku programování
Mgr. Adam Král -
Návrh UI pro ovládání chytré domácnosti
Mgr. Lázár Bence Kis, učo 485703 -
Responzivní varianty obrázků s pomocí AI v Kentico Kontent
Mgr. Viktor Lehotský




