Bakalářská práce

User Interface for Molecular Dynamics Data Repository

Filip Múdry
Anotace

Simulácie molekulovej dynamiky (MD) sú pre moderné vedy o živej prírode (life sciences) kľúčové, najmä v oblasti návrhu liečiv a modelovania vírusov, čo sa potvrdilo aj počas pandémie COVID-19. Táto oblasť však čelí výzve týkajúcej sa správy dát. Cenné súbory dát trajektórií často nie sú systematicky uchovávané, čo bráni reprodukovateľnosti a budúcim metaanalýzam. V dôsledku toho vyvstáva potreba repozitárov …více

Abstract

Molecular dynamics (MD) simulations are essential for modern life sciences, particularly in drug design and viral modelling, as demon- strated during the COVID-19 pandemic. However, the field faces a challenge regarding data management. Valuable trajectory datasets are often not systematically preserved, which hinders reproducibility and future meta-analyses. Consequently, there is a need for repositories …více

Zadání práce

The aim of the thesis is to design and develop a proof-of-concept interface for a data repository of molecular dynamics (MD) datasets. As part of the work, a user interface design will be created in Figma and subsequently implemented as a web application built with React and TypeScript.

The development will focus on:

  • designing and implementing the repository homepage,

  • displaying and enabling search and filtering of the list of data records,

  • providing an interface for interactive data deposition using forms,

  • components for filtering search results and repository records based on a defined metadata schema,

  • containerization of the user interface,

  • preparing the solution for easy deployment to the e-INFRA CZ cloud infrastructure.

The solution will be based on the API, and model architecture of the open-source system InvenioRDM, which is also used by the general-purpose data repository Zenodo operated by CERN. The thesis will focus on adapting the general repository to the needs of the molecular dynamics domain and creating a modern, visually attractive design that subtly reflects the life-science orientation of the project.

Práce zkontrolována:
19. 12. 2025 13:36, Mgr. Adrián Rošinec, učo 469240
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
5. 2. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Adrián Rošinec, učo 469240
NCBR PřF MU

Oponent

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
NCBR PřF MU

Konzultant

Mgr. Pavlína Špringerová, učo 438305
ExDaA ScColl CERIT-SC ÚVT MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.