Bakalářská práce

Software na testování nových metod pro genomové asociační studie (GWAS)

Testing and evaluation of existing and novel methods for genome-wide association studies (GWAS).

Martin Žitník
Anotace

Práce se zaměřuje na popis a implementaci statistických metod vhodných pro GWA studie. Cílem bylo vytvořit program, který poskytne prostředí pro testování a porovnání účinnosti těchto metod.

Abstract

Thesis describe basic statistical methods, commonly used in GWA studies. Object of interest was to create application framework, that allows impelemplement and test this methods.

Klíčová slova
GWAS Test dobré shody Fisherův test Cochran-Armitage test SNP polymorfismus
Zadání práce
GWAS metody slouží k nalezení skrytých vztahů mezi přítomností polymorfismů (mutací) v genomech nějaké populace a pozorovanými znaky, většinou projevy nemoci a pod. Nalezení jednoduchých vztahů je dnes prováděno rutinně, detekovat ale vztahy, kde dochází k neznámým interakcím mezi několika mutacemi může být problém. Cílem práce bude zmapovat existující metody pro GWAS, ve spolupráci se školitelem určit zajímavé modifikace, vytvořit program, který umožní většinu z nich implementovat a testovat jejich účinnost. Funkčnost programu student demonstruje na několika příkladech.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
21. 5. 2013 07:40, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
780,4 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
18. 6. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
DGen CMM CEITEC MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Literatura

  • BUSH, W.S. a J.H. MOORE. Chapter 11: Genome-Wide Association Studies. PLoS Comput Biol. Public Library of Science, 2012, roč. 8, č. 12, s. e1002822, 11 s.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Martin Žitník FI B-AP BIO qtlo0/7
Drštková, E.
19. 3. 2013
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Žitník, M.
20. 5. 2013
Anotace česky annotation.txt
Žitník, M.
20. 5. 2013
Klíčová slova keywords.txt
Žitník, M.
20. 5. 2013
Plný text práce thesis.pdf
Žitník, M.
20. 5. 2013
Posudek oponenta zitnik.pdf
Šafránek, D.
10. 6. 2013
Posudek vedoucího posudek_vedouciho_zitnik.pdf
Lexa, M.
10. 6. 2013
Příloha GwasTester.tar.gz
Žitník, M.
20. 5. 2013

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.